時任遼東經(jīng)略的王在晉則評價道：毛文龍收復(fù)鎮(zhèn)江，擒縛叛賊，四衛(wèi)震動，人心響應(yīng)。報聞之日，縉紳慶于朝，庶民慶于野。自清、撫（清河、撫順）失陷以來，費(fèi)千百萬金錢，萃十?dāng)?shù)萬兵力，不能擒其一賊。此一捷也，真為空谷之音，聞之而喜可知也。

    鎮(zhèn)江大捷后，努爾哈赤派大軍反撲，毛文龍兵少難支，退入朝鮮。朝鮮人延續(xù)了薩爾滸之戰(zhàn)時的做法，朝鮮的節(jié)度使鄭遵、樸燁引后金軍包圍毛文龍于林畔，雙方進(jìn)行了激烈戰(zhàn)斗，一日七戰(zhàn)，殺傷相當(dāng)，最終毛文龍還是取得了勝利，后金撤兵。

    此后，毛文龍以皮島、鐵山為基礎(chǔ)，建立了東江抗金根據(jù)地。天啟二年（1622年）六月，明熹宗正式任命毛文龍為平遼將軍總兵官、征虜前將軍，開鎮(zhèn)東江。

    東江鎮(zhèn)建立后，毛文龍一面招撫因戰(zhàn)火而流離失所的遼東百姓，前后接濟(jì)安置百萬余人。一面遣將四出，不斷深入后金腹地，消滅敵人的有生力量，逐漸成為后金心腹大患。后金官員稱：毛文龍之患，當(dāng)速滅耳！文龍一日不滅，則jian叛一日不息，良民一日不寧。

    從1621年起，毛文龍派遣了大量人員到后金統(tǒng)治地區(qū)刺探情報，擾亂敵人后方，使得后金方面疑懼益甚，凜凜終日，日惟追殺毛兵jian細(xì)（汪汝淳《毛大將軍海上情形》）。

    女真人有被毛文龍派去的細(xì)作騙到家里殺死的，有一起喝酒時被毒死的，有被酒灌醉了之后殺死的。在后金境內(nèi)設(shè)立的哨卡，晚上睡覺都不能點(diǎn)燃火堆，否則毛文龍派來的人看見火光后就會過去把后金士兵砍死。

    正因此，天啟三年（1623年）四月二十三日，努爾哈赤在下達(dá)的一份命令中說：駐各處之步兵馬兵、哨卒，勿與漢人交往，勿去漢人之家。若與漢人交往，去漢人之家，則治以大罪。（《滿文老檔》）

    毛文龍不斷策動在遼東的漢人用各種武器殺死后金士兵，于是努爾哈赤命令徹底沒收漢人的一切軍械武器，并且嚴(yán)禁向漢人售賣軍械武器。天啟三年四月初六他下令說：漢人軍士及百姓，凡有弓矢刀槍炮等軍械，限于二十日內(nèi)，送交各該管官。諭二十日隱匿不送者，被人首告，治以重罪。（《滿文老檔》）

    毛文龍還常給后金將領(lǐng)寫信，然后故意泄露，用反間計除掉敵手，汪汝淳《毛大將軍海上情形》記載努爾哈赤大將阿骨就是這樣被殺死的。

    在毛文龍不斷派人打入后金內(nèi)部的同時，毛文龍還派兵收復(fù)了金州和旅順，使得遼南重新回到大明懷抱。

    毛文龍的存在，導(dǎo)致后金都快崩潰了，遼民反抗幾無休日，要以區(qū)區(qū)一個遼東，災(zāi)害連年不斷之時，常年維持十萬有戰(zhàn)斗力的軍隊，談何容易？據(jù)滿族人自己的《滿文老檔》記載：

    當(dāng)時國中大饑荒，一金斗糧食買到八兩銀子，人民有人吃人rou，那個時候國中銀兩雖然很多，但是沒有可供貿(mào)易的市場，所以銀賤而物品十分昂貴，一匹好馬，價值三百兩銀子，一頭好牛，價值一百兩銀子，一匹蟒緞，價值一百五十兩銀子。到處都是盜賊，偷盜牛和馬，人與人之間相互殺戮，國家十分混亂。3

    鑒于后金即將崩潰，許多投降努爾哈赤的漢族將領(lǐng)都在思考自己的退路，甚至連李永芳都跟毛文龍私下接觸了，當(dāng)然這一切都瞞不過努爾哈赤。天啟三年五月初七，努爾哈赤給李永芳寫信：

    李永芳，當(dāng)初你這廝在撫順歸順朕時，朕覺得你小子是個明白事的人，所以收下你，把孫女嫁給你（李永芳的老婆是努爾哈赤第七子阿巴泰之女）。蒙上天眷佑，朕出兵葉赫、哈達(dá)、烏拉、輝發(fā)都打贏了，薩爾滸之戰(zhàn)、撫順清河之戰(zhàn)、開原鐵嶺之戰(zhàn)、沈陽遼陽之戰(zhàn)、廣寧之戰(zhàn)都打贏了，朕打蒙古也贏了。但你李永芳卻認(rèn)為這只是朕一時得勢，早晚天下還是明朝的。遼東漢人屢欲謀反，彼等密謀之書不斷傳來。朕每欲查抄之，因你這廝心向明朝，便總是阻攔，直到這批漢人叛逃到明朝那邊，爾心始快，朕一經(jīng)發(fā)覺而誅殺叛逃者，你就不爽。你要暗通明朝，可是最近北京城內(nèi)護(hù)城河兩次出現(xiàn)大片紅血，北京各衙門的古樹也在大風(fēng)中被連根拔了，這是天象示警，告訴你投奔明朝是不吉利的?？墒悄氵€要叛逃到明朝這邊，你既辜負(fù)了你的養(yǎng)身之父，也辜負(fù)了你的岳父（努爾哈赤之子）。然而現(xiàn)在既然你已經(jīng)當(dāng)了朕的孫女婿，而且蒙古、朝鮮他們都知道這件事，倘若朕對你治罪，恐為他人恥笑于我，亦恥笑于爾。故不予治罪，默然處之，然我心怨恨，所以把這些心里話告訴你出口氣痛快痛快！（《滿文老檔》）

    私通毛文龍，如果換了一般的漢jian，努爾哈赤肯定是要?dú)⒌舻?，但無奈，李永芳是投靠他的頭號漢jian，努爾哈赤還把自己第七子阿巴泰的女兒嫁給了他，他已成為投降后金的一個活廣告。如果連李永芳都被自己殺了，那估計沒有漢人再敢來效力了，光靠那點(diǎn)女真人，后金肯定不可能維持下去。所以明知道李永芳和毛文龍有聯(lián)系，努爾哈赤也不能把李永芳?xì)⒌簦绕溥@封信的最后一句話，真有啞巴吃黃連，有苦說不出，打碎牙和血吞的感覺！

    一貫是后金在明朝內(nèi)部有內(nèi)應(yīng)，而毛文龍也在后金內(nèi)部安插內(nèi)應(yīng)。1623年9月，毛文龍在后金的內(nèi)應(yīng)飛報，努爾哈赤準(zhǔn)備西征攻打山海關(guān)一線。為了牽制后金，毛文龍率三萬大軍，直搗后金故都赫圖阿拉，以攻其必救。后金在赫圖阿拉以南設(shè)有董骨寨、牛毛寨、閻王寨三座要塞，深溝高壘，易守難攻，是其起家時的根本。九月十三日，毛文龍率部深入敵境，他說：今日深入賊巢，不可不力戰(zhàn)，如有退縮，即行斬首！他的身先士卒很快使全軍攻克董骨寨，激戰(zhàn)至十六日，占領(lǐng)牛毛寨、閻王寨，將后金守敵全部消滅。十七日，后金軍反攻，想奪回三寨，毛文龍設(shè)伏以待，在地里埋了許多地雷，后金軍紛紛被地雷炸得血rou橫飛，無法反攻。