如戰(zhàn)前周士相所設(shè)想的最壞情況，清軍在攻城不克后改以圍城。為了達到徹底圍死太平軍的目的，尚可喜回到廣州后即又從廣州及各府縣征調(diào)數(shù)千清軍至新會，統(tǒng)一交由世子尚之信和都統(tǒng)班志富指揮，并強征上萬民夫在短短數(shù)天內(nèi)構(gòu)建了針對新會城的包圍圈。

    尚沒有和清軍大規(guī)模野戰(zhàn)能力的太平軍只能每日看著對面的清軍修筑圍城工事，看著一座座箭樓、一道道籬笆、一座座軍營如雨后春筍般出現(xiàn)在新會四周。在此過程中，太平軍不是沒有試圖阻止清軍，但在連續(xù)兩次夜襲失敗，平白損失數(shù)十人后，養(yǎng)傷的周士相下令各部不得再自行出城作戰(zhàn)，未得他的命令，若有一兵一卒出城，唯所部主官是問！

    尚可喜回廣州前親自對圍城做了部署，以其本部漢軍鑲藍旗圍東門，靖南藩下正黃旗漢軍并一部分綠營圍南門，參將胡國立領(lǐng)督撫標(biāo)兵并一部分綠營圍北門，其余綠營兵馬則在總兵林善志統(tǒng)帶下包圍西門。

    清軍的包圍圈足有三道防線，每道防線都設(shè)施齊全，一萬多清軍分布防線之中，切斷了新會與城外的一切聯(lián)系，導(dǎo)致城中太平軍對外界情況一無所知。

    隨著包圍的時間變長，城中雖未出現(xiàn)斷糧情況，但是用于生火的木材卻變得緊張起來，太平軍開始拆卸城中房屋，為的只是取出建筑的木料用于生火。

    清軍方面，從廣州調(diào)派的糧草物資源源不斷，更有兩萬多民夫青壯供驅(qū)使，江上又有廣東水師待命，除了無法攻克新會堅城外，清軍在許多方面都占了上風(fēng)，也占盡優(yōu)勢，此也是尚可喜決定圍城的最大本錢。只要太平軍沒有援軍來救，圍到最后，贏家一定是清軍。

    清軍包圍圈構(gòu)建后不久，從廣州調(diào)來的數(shù)十門火炮終是到達，在集中火炮對城墻進行轟擊不果后，清軍不再炮擊城墻，只隔三差五向城中開炮，相對應(yīng)的城中太平軍也不間斷向城外炮擊，可雙方的炮擊效果都有限，打了幾次后，都知這種炮擊沒有任何意義，雙方不約而同的停止了這種無用功。

    為了以防萬一，尚可喜親筆向肇慶總兵許爾顯發(fā)去急令，命其對高州方面嚴加監(jiān)視，抽調(diào)兵馬駐防羅定，務(wù)求不使高州明軍東進一步。

    只要高州李定國部不動，廣州方面對圍困新會就沒有擔(dān)心，廣東境內(nèi)雖還有另外幾股明軍，但無論是兵力還是裝備都遠遠落后于高州李定國部，這些明軍也多處沿海地域，所占不過水師之利，真正陸上戰(zhàn)斗清軍是不怕的。倘使這些明軍真的前來解救新會太平軍，倒是廣州方向樂于看到的。新會城下用于圍城的上萬清軍攻不了城，但要殲滅這些個南明雜牌卻是不費吹灰之力。

    事態(tài)的發(fā)展也讓廣州方面安心，圍城一個多月，除雷州境內(nèi)有明軍試圖攻占州縣，揮師東進外，其余地方的明軍都沒有活動跡象，而最讓廣州方面擔(dān)心的高州明軍更是一點動靜沒有。種種跡象證明，困守新會的太平軍不折不扣就是一支孤軍，甚至是不是為南明小朝廷所接納都是一個問題。

    沒有了后顧之憂的清軍終于在六月19日，也就是圍城的第49天向城中射進勸降書，得到的卻是周士相親筆所寫的八個大字——“漢家兒郎絕不降虜！”

    六月二十三日，也就是圍城的第53天，清軍向新會城發(fā)起了一次試探進攻。此次進攻由漢軍旗副都統(tǒng)王國輝指揮，用于攻城的主力仍然是綠營，只有少量旗兵配合。

    清軍是黎明時發(fā)起的進攻，進攻的方向不是之前的東門，而是南門。但南門上的太平軍顯然對此早有準(zhǔn)備，城上守軍據(jù)險頑抗，危險時刻，近衛(wèi)營小旗陳默帶人用繩子吊下城反擊攻城清軍，毀去清軍用于攻城的云梯一百多架，盾車六輛，迫使清軍不得不放棄此次進攻。

    王國輝見強攻無效，反折損兵員物資無數(shù)后，經(jīng)請示尚之信和班志富，命令清軍用布袋盛土堆積為墻，載木成柵，輔以挨牌作掩護，利用漢軍旗鳥銃射殺太平軍，暗中組織民夫挖掘地道，試圖掘地入城。

    城內(nèi)太平軍通過城中監(jiān)聽地下動靜的大缸察覺到了清軍意圖，立即組織人手在城中挖掘了一條同城墻平行的深溝，此深溝寬一丈有余，深卻達兩丈多，換成后世計量單位，即寬三米多，深達七米。

    深溝挖好后，周士相即下令待清軍所挖地道一旦通入城中，便以水淹，水淹不奏效就以新近趕制的震天雷轟殺，兩側(cè)銃手射殺，兩法都不奏效，便由各營組織士兵下溝rou搏，無論付出多大犧牲，也絕不使清軍一兵一卒由溝中冒出！

    由于太平軍防備得當(dāng)，從地道潛入的清軍還沒有露頭，就被突然扔進的震天雷炸傷大片，余下清軍沖出來后卻發(fā)現(xiàn)身處深溝之內(nèi)，前后左右都沒有攀爬的地方，只能困在溝中不得動彈，而深溝兩側(cè)卻有拿銃的太平軍對他們射殺，一番垂勞掙扎后，清軍無奈丟下數(shù)百尸體倉促退去。

    從地道奪城不得后，為發(fā)泄心中憋屈，尚之信命令東西兩座炮臺再向城中炮擊，周士相命令城頭炮手開炮反擊后同時高賞懸格，“有能出城奪清軍炮臺者，人賞銀五十兩。”

    重賞之下必有勇夫，這一次又是近衛(wèi)營小旗陳默帶頭組織了一隊80人的死士，趁著深夜從清軍開挖的地道潛入清軍大營地下，經(jīng)一個時辰的挖掘后終是打通地道，隨后80名太平軍勇士在陳默的帶領(lǐng)下人手兩枚震天雷，一路不停轟殺清軍并放火。

    深夜之中，清軍不知太平軍來了多少人，又被震天雷轟得暈東暈西，加上到處起火，一時顧不得攔阻止?jié)撊氲奶杰?，使得陳默等人成功撲至清軍東、西兩座炮臺，引燃清軍炮臺儲備火藥，當(dāng)場炸毀大小火炮三十多門。

    回城之后經(jīng)清點，出城的80名勇士只剩36人。此教訓(xùn)也讓清軍徹底堵死所掘地道，也息了掘地入城的心思。