從三江口回到廣州后，周士相立即著手進行整軍，首先便是令各部統(tǒng)計兵馬，計有兵21500人，青壯民夫14000人。其中降兵人數(shù)為10600人，后備兵連同輜重營兵5500人，原屬太平軍步軍左右二營、新兵營戰(zhàn)兵為5000人左右。

    在回廣州的路上，周士相已經(jīng)想好如何整軍擴軍，他意將太平軍設(shè)立為四鎮(zhèn)，從各部中挑選精兵編入第一、第二鎮(zhèn)，剩余編為第三鎮(zhèn)，余下則為第四鎮(zhèn)。

    一鎮(zhèn)編制具體為:20兵為一伍，設(shè)伍正一名、銜小旗；3伍為一隊，設(shè)隊正一名、銜總旗官；一隊所轄3伍分別以甲乙丙命名，隊正又設(shè)直屬兵十員，掌扈衛(wèi)、旗鼓號令事，另設(shè)伙兵5員，故一隊兵額為75人；3隊為一衛(wèi)，設(shè)衛(wèi)尉一名，銜百戶，衛(wèi)下所轄隊以甲乙丙名之，衛(wèi)正又有直屬兵20員，稱之為衛(wèi)兵，掌扈衛(wèi)、旗鼓號令事，故一衛(wèi)兵額245人.

    3衛(wèi)為一營，設(shè)營尉一名，銜千戶。營下所轄衛(wèi)以甲乙丙名之，營尉下設(shè)直屬兵40員，稱營兵，掌扈衛(wèi)、旗鼓號令事，故一營兵額775人；3營為一旅，設(shè)旅校一名，銜指揮同知；營以甲乙丙名之，旅尉下設(shè)直屬兵100員，稱旅兵，掌扈衛(wèi)、旗鼓事；故一營兵額2425人。

    3旅為一鎮(zhèn)，設(shè)鎮(zhèn)將一名，銜為指揮使。鎮(zhèn)下轄旅以甲乙丙名之，鎮(zhèn)將下設(shè)直屬兵300員，又稱鎮(zhèn)兵，掌扈衛(wèi)、旗鼓號令事；故一鎮(zhèn)兵7575人。

    此次改編大體亦同香山成軍時制，不過旅帥、師帥改為旅校、鎮(zhèn)將，營官稱營尉，衛(wèi)官稱衛(wèi)尉。每隊設(shè)隊副2名，為小旗銜，其中一人為安軍小使；每衛(wèi)設(shè)副衛(wèi)尉2名，為試百戶銜，其中一人為安軍中使；每營設(shè)副營尉2名，為百戶銜，其中一人為安軍大使；每旅設(shè)副校2名，為千戶銜，其中一人為安軍使；鎮(zhèn)將下設(shè)副將2名，指揮同知銜，安軍使由鎮(zhèn)將親領(lǐng)。

    鎮(zhèn)將暫擬等同總兵官，旅校等同參將，營尉等同游擊，衛(wèi)尉等同千總，隊正等同把總。正式任命待報請永歷朝廷后方能落實，周士相眼下只能以自己廣州總兵官名義權(quán)知任事。

    老卒善戰(zhàn)者，稱銳兵；新入軍者，稱選兵；又有在鄉(xiāng)待選者（保安隊），稱備兵。太平軍制，以銳兵、選兵為正兵，其額有缺者，以備兵補之，備兵入營，則為選兵。

    步軍四鎮(zhèn)之外再設(shè)馬兵一旅，稱騎兵旅，其旅建制等同步軍一鎮(zhèn)。官兵名額亦同，一旅兵為2425人；旅校不設(shè)直屬兵，兵員亦有銳兵、選兵之分。

    再設(shè)炮兵一營，營制等同步軍一鎮(zhèn)，官兵名額5000人，兵分正炮手、副炮手、輔炮手，等同銳兵、選兵、備兵。正炮手cao炮，副炮手架炮，輔炮手運炮。

    四鎮(zhèn)步軍、馬軍一旅編成后，即由第一鎮(zhèn)進駐清遠，第二鎮(zhèn)駐廣州，第三鎮(zhèn)駐增城，第四鎮(zhèn)駐香山，馬軍一旅和炮營都駐廣州。于城外越秀山下設(shè)廣州大營。

    鎮(zhèn)將人選別分是第一鎮(zhèn)葛義，第二鎮(zhèn)鐵毅，第三鎮(zhèn)蔣和，第四鎮(zhèn)邵九公。騎兵旅由邵成國掌總，滿州人蘇納掌副。炮營鎮(zhèn)將齊豪擔任。

    第一鎮(zhèn)和第二鎮(zhèn)從太平軍和降兵中挑選精銳組成，也是太平軍四鎮(zhèn)最能打的兩鎮(zhèn)，對這兩鎮(zhèn)的要求，周士相只有一個，戰(zhàn)斗力絕對不能低，因為要隨時拉出去和清軍見仗。因此這兩鎮(zhèn)的鎮(zhèn)將人選他選了葛義和鐵毅，此二人皆是勇猛之人，適合沖鋒陷陣。禿子蔣和也是勇將，可匪氣比葛義還要重，且愛喝酒，周士相怕他喝酒誤事，因此只將第三鎮(zhèn)給他。邵九公忠誠足夠，卻無勇猛之風，做事顧頭顧尾，不敢豁下心去拼，屬持重型，因此周士相將第四鎮(zhèn)給他。

    第一、第二鎮(zhèn)是今后和清軍作戰(zhàn)的主要力量，第三、第四鎮(zhèn)則是穩(wěn)定后方，如此鎮(zhèn)將人選自然有所區(qū)別。炮鎮(zhèn)為攻擊力量，戰(zhàn)時隨同第一鎮(zhèn)、第二鎮(zhèn)活動。周士相擬日后炮兵規(guī)模擴大后，即在每鎮(zhèn)軍下設(shè)炮旅，以加強步軍鎮(zhèn)的火力攻擊。

    靖南藩下漢軍和平南藩下漢軍一半都選入第一鎮(zhèn)，鎮(zhèn)將以下軍官任命是相互挾制，如平南藩下降將任靖南藩下降兵的隊正、衛(wèi)尉，同樣靖南藩下降將任平南藩下降兵的隊正、衛(wèi)尉。原先兩藩麾下將領(lǐng)協(xié)領(lǐng)以上軍官全部被發(fā)落到兵備講習所充教官，或是改為文官，只低級武官得以任職。這兩鎮(zhèn)軍官的任命營尉以上軍官多是太平軍出身，營尉以下降將占了一半多。

    原先在香山永樂鄉(xiāng)的水營也調(diào)至廣州，在珠江原清軍水師駐地長洲島設(shè)太平軍水營，此地即幾百年后黃埔軍校所在地。

    水營兵額暫定為5000人，不過因水營缺少戰(zhàn)船，短時間無法承擔作戰(zhàn)任務(wù)，故周士相請凌海將軍陳奇策調(diào)遣所部水師戰(zhàn)船一部移至長洲島，確保珠江為明軍所有。同時為陳奇策這部水師提供糧草供應(yīng)，并遣人向他們學習水師戰(zhàn)法。

    已和朱統(tǒng)占有肇慶的陳奇策爽快答應(yīng)周士相請求，派偏將鄭成魁領(lǐng)40余艘戰(zhàn)船進駐長洲島，并送給太平軍12艘戰(zhàn)船。此舉讓周士相大喜過望，12艘戰(zhàn)船雖然很少，但卻意味著水營不再是內(nèi)河水師，而是能夠在珠江上甚至獅子洋上行動的“海軍”了。

    水營鎮(zhèn)將由周士相親領(lǐng)，他給宋襄公壓了任務(wù)，讓他無論如何也在一年以內(nèi)建好太平軍的造船廠，最遲兩年內(nèi)太平軍必須能夠有自己造出的戰(zhàn)船下水。強大的鄭氏水師一直是周士相所眼紅，所妒忌的對象，奈何水師太吃銀子，也太耗精力和時間，且眼下還不是決定戰(zhàn)場的力量，故周士相只能先行發(fā)展步軍，待取得南方數(shù)省或江南全部以后，方再著手進行“海軍”組建。

    周士相于廣州平南王府成立軍帥府，設(shè)親兵，選全軍身高1米七以上銳兵充任，選800，制鐵甲，號鐵人衛(wèi)。鐵人衛(wèi)指揮由瞎子李擔任，職同參將銜。

    軍帥府設(shè)軍、民兩部，軍部由趙四海負責，民部由宋襄公負責，同時宋襄公亦兼廣東布政使，當然，這個任命沒有得到永歷朝廷的背書，乃是周士相自行所為。按制，他無法自行任命官員，況一省布政使。再者，欽州有總督衙門，高州又有四府巡撫，無論怎么排，也輪不到周士相把控廣東布政使司衙門。

    鑒于太平軍識字率太低，短時間又不可能組織全軍來一次“掃盲”運動，因此在邵九公等人的建議下，周士相于原靖南將軍府建兵備講習所，各鎮(zhèn)伍長以上軍官要輪批分批入堂教學，學制三月，主學由他仿前世軍隊cao典改編而成的《太平軍步軍cao典》，該cao典只涉及初步軍隊整訓、cao練、旗號鼓事等。

    四鎮(zhèn)一旅兩營編制定下后，即由軍帥府主持調(diào)兵成建事。一時間，廣州附近到處是兵馬調(diào)動，往東的往東，往西的往西，鬧哄哄，直用了七八天時間才將各部集結(jié)到位，上下軍官也落實明確。此期間，周士相很少睡覺，瞪著紅眼聽取各部匯報，唯恐調(diào)動期間有降兵作亂。

    軍隊編制落實后，周士相又定軍餉。銳兵定軍餉月銀1銀，家眷由太平軍公庫供養(yǎng)；選兵不定月銀，家眷由太平軍公庫供養(yǎng)；備兵無餉銀可領(lǐng)，不過其訓練期間武器裝備由太平軍撥給，訓練期間家中農(nóng)田也由各村公所組織人手幫助耕種，以減輕其家庭負擔。

    軍官餉銀伍正2兩一月，年24兩，隊正以上者依次提百分之二十。作戰(zhàn)有功者，無論官兵可另獲賞賜，或銀，或糧，或物，或土地。

    各鎮(zhèn)成立后，周士相即叫宋襄公大開公庫犒賞三軍將士，并且主持實際控制區(qū)內(nèi)的土地整并。

    廣州城中的漢軍家眷被分成三批安置，一批撥入前山寨，一批撥入仁厚鄉(xiāng)，一批安置在番禺。這些漢軍家眷在當?shù)匕仓煤?，由當?shù)貏潛芡恋毓┧麄兏N，同太平軍老營一樣，也是分別設(shè)村管治。太平軍只提供他們初期生活所需和農(nóng)具、種子，一切需自食其力，待其男人在軍中服役滿三年后才可享受太平軍家眷的待遇。

    4000多滿州婦人也被從廣州城中趕出安置在香山，由當?shù)剜l(xiāng)、村公所為他們擇配夫家，同漢軍家眷一樣自食其力。這些滿州婦人在廣州時沒有得到城內(nèi)百姓的太平軍將士的青睞，送到鄉(xiāng)下后卻成了搶手貨，不到一個月就被當?shù)啬凶臃謸屢豢铡?/br>
    宋襄公任廣東布政使，降官王章鈞布政使司右參政，左清為左參政。廣州知府由廖瑞祥接任，他的香山知縣則給了尚未回來的龍眼鄉(xiāng)鹽課大使郭紹。從臺山回來的徐應(yīng)元則在軍帥府得了個參議位置。

    廣東布政使司衙門現(xiàn)在只有一件大事辦，那就是落實太平軍實際控制區(qū)域內(nèi)的鄉(xiāng)、村公所組建，將所有的人力和資源都有效整合起來。各駐地的太平軍除了抓緊cao練外，也有一件事要辦，那就是剿匪。